Od 1998 roku PTBUN jest członkiem FENS (Federation of European Neuroscience Societies) a od 1992 również IBRO (International Brain Research Organization). W 2007 roku PTBUN przystąpiło do European Coalition for Biomedical Research (ECBM) i przyjęło zaproszenie do Polskiej Rady Mózgu (PRM). W 2015 roku prof. Małgorzata Kossut została wybrana na wiceprezesa PRM.
W tym okresie członkowie PTBUN pełnili funkcje w następujących komitetach wykonawczych FENS:

Ewelina Knapska
FENS Treasurer-Elect
(2024-2026)

Daniel Wójcik
IBRO Pan-Europe Regional Committee
(2024-)

Ewelina Knapska
Kavli Network of Excelence Member
(2018-2022)

Daniel Wójcik
Committee of Higher Education and Training (CHET) Committee Member
(2018-2020)

Elżbieta Pyza
Communication Committee Member
(2016-2020)

Małgorzata Kossut
Communication Committee Member
(2012-2016)

Krzysztof Turlejski
Committee on Animals in Research (CARE) Committee Member
(2012-2016)

Ryszard Przewłocki
Chair Schools Programme Committee
(2010-2014)

Jolanta Zawilska
Network of European Neuroscience Schools (NENS) Committee Member
(2006-2016)

Małgorzata Kossut
Programme Committee Member
2012 Barcelona, 2006 Vienna

Leszek Kaczmarek
Programme Committee Member
2008 Geneva, 2004 Lisbon

Andrzej Wróbel
Programme Committee Member
2006 Vienna